الكل يك ماده ضدعفوني‌كننده يا به عبارتي، يك ميكروب‌كش قوي است و پروتئين‌‌هاي موجود در ساختار سلولي، عوامل ميكروبي را در يك محل جمع مي‌كند. تجمع و بسته شدن پروتئين‌هاي موجود در عوامل ميكروبي شبيه به فرآيند انعقاد يا لخته شدن خون در محل بريدگي يا ايجاد جراحت است.
اگر همه ذخاير خوني موجود بدن شما لخته شود، ديگر شما قادر به ادامه زندگي نخواهيد بود و اين اتفاق موجب مرگ شما مي‌شود. الكل از چنين تاثيري بر عوامل ميكروبي برخوردار است و با انعقاد پروتئين‌ها، موجب مرگ عوامل ميكروبي مي‌شود. شايد برايتان جالب باشد كه الكل چوب يا ايزوپروپيل الكل كه درجه خلوص آن 70 درصد است، در مقايسه با الكل طبي كه خواص آن صددرصد است، در ضدعفوني يا گندزدايي و از بين بردن عوامل ميكروبي موثرتر است. به عبارت ديگر، خلوص الكل به معني افزايش خاصيت ميكروب‌كشي آن نخواهد بود. الكل خالص يا الكل صددرصد در تماس با عوامل ميكروبي، موجب انسداد ديواره سلولي آن شده و در نتيجه يك پوسته دفاعي در اطراف سلول ميكروبي ايجاد مي‌كند و به اين ترتيب مانع از نفوذ الكل به داخل سلول و تاثير بر پروتئين سلولي مي‌شود. به همين علت الكل خالص در ضدعفوني و گندزدايي چندان موثر عمل نمي‌كند بنابراين حتي اگر پس از ضدعفوني با الكل، باكتري به طور موقت غيرفعال شده باشد، همچنان زنده مي‌ماند و از بين نرفته است البته در صورتي كه شرايط مناسبي براي فعال شدن باكتري ايجاد شود، باكتري مجددا فعاليت خود را آغاز خواهد كرد. اما ايزوپروپيل الكل، يك نوع الكل ناخالص با درجه خلوص 70 درصد است. اين ماده ضدعفوني‌كننده گرچه موجب انعقاد پروتئين‌هاي سلولي عامل ميكروبي مي‌شود، اما به كندي عمل مي‌كند و بنابراين قبل از اين كه بر پروتئين‌هاي سلولي تاثير بگذارد زمان كافي براي نفوذ الكل به ساختمان تشكيل‌دهنده عامل ميكروبي وجود خواهد داشت. به اين ترتيب پس از نفوذ الكل به داخل باكتري، همه پروتئين‌هاي موجود در ساختمان سلولي باكتري لخته شده و باكتري به طور كامل از بين مي‌رود. بنابراين بهتر است در صورت امكان به جاي الكل خالص از الكل 70 درصد براي ضدعفوني محل زخم يا جراحت استفاده كنيد. گرچه فرآيند ضدعفوني كردن با الكل ناخالص در مقايسه با الكل خالص مدت زمان بيشتري به طول خواهد انجاميد، اما مي‌توان مطمئن بود كه احتمال ايجاد عفونت در محل ضدعفوني شده وجود ندارد.
گرچه الكل خالص عمل ضدعفوني را بسيار سريع‌تر انجام مي‌‌دهد، اما تاثير آن بر عوامل ميكروبي موقت بوده و در صورت فراهم شدن شرايط مناسب براي رشد باكتري‌ها احتمال فعاليت مجدد عوامل ميكروبي و ايجاد عفونت در محل زخم يا جراحت وجود خواهد داشت.